細胞工学別冊　次世代シークエンサーDRY解析教本

出版社： Gakken(旧：学研メディカル秀潤社)
発行日： 2015-10-20
分野： 基礎・関連科学  >  雑誌
ISSN： 02873796
雑誌名：
特集： 次世代シークエンサーDRY解析教本
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目次

  • 細胞工学別冊　次世代シークエンサーDRY解析教本

    ―目次―

    特集　次世代シークエンサーDRY解析教本

    ■Level 1（準備編）
    　1．Macの買い方
    　2．コマンドラインの使い方
    　3．Rの使い方
    　4．データベースの選び方
    　5．データ解析のための統計の基礎
    　● NGS基本用語解説

    ■Level 2（実践編）
    　1．練習用公開データの選び方
    　2．発現解析
    　 ● 発現解析・手順書
    　 ●【再現・検証】研究者の妻のDRY解析奮闘日記
    　3．疾患ゲノム解析
    　● 疾患ゲノム解析・手順書
    　●【再現・検証】疾患ゲノム解析実習レポート
    　●【再現・検証】有償ソフトウェアならここまでできます
    　4．エピゲノム解析（ChIP-seq/FAIRE-seq/ATAC-seq）
    　● エピゲノム解析（ChIP-seq）・手順書
    　●【再現・検証】ウェットなPIのChIP-seqことはじめブログ
    　5．エピゲノム解析（WGBS）
    　● エピゲノム解析（WGBS）・手順書1．
    　●【再現・検証】ギーク女優のWGBSガチ実況
    　● エピゲノム解析（WGBS）・手順書2．
    　●【再現・検証】担当編集者のつぶやき検証レポート

    ■Level 3（論文別・作図コマンド解説）
    　A. R＋pairs.panels
    　B. R＋vioplot
    　C. R＋ggplot2 grid
    　D. R＋rGADEM
    　E. R＋biomaRt＋reshape2＋ggplot2＋grid＋entropy
    　F. R＋KEGGgraph
    　G. R＋trisomy.R
    　H. R＋edgeR＋hclust
    　I. R＋beanplot＋boxplot＋barplot＋IGV
    　J. Perl＋R＋ChromHMM＋IGV
    　K. R＋python＋visMut2sp.R
    　L. Velvet＋Murasaki＋GMV
    　M. Perl＋gc_contentSkew＋Tcl/Tk
    　N. imlib2＋distriSNP
    　O. SQLite3＋R＋Ruby＋Univa Grid Engine

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