バイオインフォマティクス　ゲノム配列から機能解析へ　

出版社： MEDSi
著者：
発行日： 2002-01-01
分野： 基礎・関連科学  >  基礎医学関連科学一般
ISBN： 489592307x
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商品紹介

世界で初の本格派テキスト。Cold Spring Harbor Laboratory PressのBioinformaticsの日本語版。米国の有力大学も教科書に採用。生物情報学が体系的にわかる。バイオインフォマティクスの歴史から、配列解析の手法、構造解析、機能ゲノム学を網羅し、その根底にあるアルゴリズムや仮定をわかりやすく解説。役に立つフローチャートを多数収録。

目次

  • バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ

    ―　目次　―

    第1章　バイオインフォマティクスの歴史と全貌
    最初にデータベース化されたのはタンパク質の配列だった/DNA配列データベー ス/公共データベースからの配列検索/配列解析プログラム/配列比較のためのドット マトリックス法、またはダイアグラム法/ダイナミックプログラミング法による配列 のアラインメント/配列間の局所的

    2章 配列の収集と蓄積
    DNAの配列決定/ゲノムの配列決定/発現した遺伝子のcDNAライブラリーの配列決定/配列のデータベースへの登録/配列の精度/コンピュータに配列を蓄積する/配列の形式/ある配列形式から別な形式への変換/

    3章 対にした配列のアラインメント
    配列アラインメントの定義/配列アラインメントの重要性/配列アラインメントの方法概論/ドットマトリックス配列比較/配列アラインメントのためのダイナミックプログラミングアルゴリズム/

    4章 多重配列アラインメント
    ゲノム配列決定/多重配列アラインメントの利用/多重配列アラインメントと系統解析との関係/多次元ダイナミックプログラミング法/多重配列アラインメントのよさを測る尺度/累進法による多重配列アラインメント/

    5章 RNA二次構造の予測
    RNA構造予測の基本/RNA二次構造の特徴/予測の限界/RNAの構造予測法の進歩/RNA配列の自己相補的な領域から二次構造がわかる/最小の自由エネルギーをもとにRNAの二次構造を予測する方法/MFOLDによる準最適な構造の予測と、エネルギープロットの使用/

    6章 系統推定
    系統解析と配列アラインメントとの関係/ゲノムの複雑度と系統解析/進化系統樹の概念/最大節約法/距離法/最尤法/進化モデルに基づいた配列アラインメント/系統推定の信頼性/系統解析の応用

    7章 類似配列のデータベース検索
    単一の問い合わせ配列に対する配列類似性検索/検索の高速化/DNA配列の検索とタンパク質配列の検索/類似性検索のためのスコア行列/出力の制限/FASTA配列データベース類似性検索/BLAST/

    8章 遺伝子予測
    ORF予測精度の検証/真核生物の遺伝子には反復配列があり、おそらくヌクレオソーム構造を反映している/微生物ゲノムの遺伝子予測/真核生物における遺伝子予測/遺伝子予測法の評価/

    9章 タンパク質の分類と構造予測
    タンパク質の構造予測/タンパク質構造と用語の概説/タンパク質の分類/タンパク質の構造をみる/タンパク質構造分類データベース/タンパク質構造のアラインメント/構造予測/

    10章 ゲノム解析
    ゲノムの構造/配列アセンブリと遺伝子同定/比較ゲノム学/遺伝子の機能別分類/遺伝子の並び（シンテニー）は近縁の生物種の染色体上で保存されている/全体的な遺伝子調節/

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