次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版

出版社: 学研メディカル秀潤社
著者:
発行日: 2019-12-15
分野: 基礎・関連科学  >  遺伝/遺伝子
ISBN: 9784780909838
書籍・雑誌
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商品紹介

次世代シークエンサー(NGS)において、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介。コマンド未経験者・初学者でも、Mac1台でデータ解析が可能です。

目次

  • ■Level 1(準備編)
     1.Macの買い方
     2.コマンドラインの使い方
     3.共通基本ツールの導入方法
     4.3分で学ぶGitHubの使い方~作成したプログラムをオープンソースで公開する~

    ■Level 2(実践編)
     0から始める疾患ゲノム解析 ver 2
     0から始める発現解析 ver 2
     0から始めるエピゲノム解析(ChIp-seq)ver 2
     0から始めるエピゲノム解析(BS-seq)ver 2
     0から始めるメタゲノム解析
     0から始めるバクテリアゲノム解析
     0から始める動物ゲノムアセンブリ
     0から始めるトランスクリプトームアセンブル解析
     CWL(Common Workflow Language)があれば、DRY解析はもう怖くない


    ■Level 3(応用編)
     ゲノムブラウザー風の可視化をRの基本作図関数を組み合わせて実現する
     シングルセルRNA-seqで擬時間に対する発現量変動をクラスタリングし、
      クラスターごとの平均と代表的な遺伝子の発現量を可視化する
     臨床検査値と疾患の遺伝的相関(genetic correlation)ネットワーク図
     メンデルランダム化解析(Mendelian randomization)に基づく
      臨床検査値と疾患の因果関係の可視化
     等高線散布図によるDNAメチル化の比較
     公共データベースに登録されたNGSデータの分布を可視化する
     メタ16Sシーケンスの各サンプルから得られたリード数の分布を
      生物分類ごとに可視化する
     メタ16SシーケンスリードのBLAST結果を用いて、
      サンプル間で共通して存在する生物種を可視化する
     特定のGO termがアノテーションされた遺伝子群の発現差の可視化
     LocusZoomプロット:連鎖不平衡情報とともにゲノムワイド関連解析の
      シグナルを可視化する
     遺伝子近傍のDNAメチル化レベルを可視化する
     58形質のゲノムワイド関連解析結果とその多面的作用(pleiotropy)の可視化
     複数の染色体配列間の相同性を可視化する
     メタ16Sシークエンスの各サンプルから得られた細菌叢組成の差を
      主座標分析・クラスター解析により可視化する

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