次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
商品紹介
次世代シークエンサー（NGS）において、プログラミングの未経験者や初学者でもデータ解析を実践するツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介。コマンド未経験者・初学者でも、Mac1台でデータ解析が可能です。
目次
- ■Level 1（準備編）
1．Macの買い方
2．コマンドラインの使い方
3．共通基本ツールの導入方法
4．3分で学ぶGitHubの使い方～作成したプログラムをオープンソースで公開する～
■Level 2（実践編）
0から始める疾患ゲノム解析 ver 2
0から始める発現解析 ver 2
0から始めるエピゲノム解析（ChIp-seq）ver 2
0から始めるエピゲノム解析（BS-seq）ver 2
0から始めるメタゲノム解析
0から始めるバクテリアゲノム解析
0から始める動物ゲノムアセンブリ
0から始めるトランスクリプトームアセンブル解析
CWL（Common Workflow Language）があれば、DRY解析はもう怖くない
■Level 3（応用編）
ゲノムブラウザー風の可視化をRの基本作図関数を組み合わせて実現する
シングルセルRNA-seqで擬時間に対する発現量変動をクラスタリングし、
クラスターごとの平均と代表的な遺伝子の発現量を可視化する
臨床検査値と疾患の遺伝的相関（genetic correlation）ネットワーク図
メンデルランダム化解析（Mendelian randomization）に基づく
臨床検査値と疾患の因果関係の可視化
等高線散布図によるDNAメチル化の比較
公共データベースに登録されたNGSデータの分布を可視化する
メタ16Sシーケンスの各サンプルから得られたリード数の分布を
生物分類ごとに可視化する
メタ16SシーケンスリードのBLAST結果を用いて、
サンプル間で共通して存在する生物種を可視化する
特定のGO termがアノテーションされた遺伝子群の発現差の可視化
LocusZoomプロット：連鎖不平衡情報とともにゲノムワイド関連解析の
シグナルを可視化する
遺伝子近傍のDNAメチル化レベルを可視化する
58形質のゲノムワイド関連解析結果とその多面的作用（pleiotropy）の可視化
複数の染色体配列間の相同性を可視化する
メタ16Sシークエンスの各サンプルから得られた細菌叢組成の差を
主座標分析・クラスター解析により可視化する
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