実験医学別冊　メタボロミクス実践ガイド

出版社： 羊土社
発行日： 2021-04-15
分野： 医学一般  >  雑誌
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： メタボロミクス実践ガイド
電子書籍版： 2021-04-15 （第1刷）
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目次

  • 特集　メタボロミクス実践ガイド
    　　　サンプル調製からデータ解析まで、
    　　　あなたに合った実験デザインと達人テクニック

    はじめに

    導入編
    　1　メタボロミクス手法概説
    　2　メタボロミクスを実施するための重要ポイント

    実践編(1)　試料収集，サンプリング
    　1　オーバービュー ～メタボロミクスの威力を最大化するサンプリング・試料調製のコツ
    　2　血液
    　3　尿
    　4　唾液
    　5　糞便
    　6　動物 ～in vivoの代謝情報を保持した臓器サンプルの採取法
    　7　微生物
    　8　培養細胞
    　9　植物
    　10　食品

    実践編(2)　機器分析
    　1　オーバービュー
    　　　～メタボロームデータを自力で取得したい/外部に依頼したい人のためのガイド
    I．汎用される機器分析のプロトコール
    　2　GC-MSを用いたメタボローム解析
    　3　CE-MSを用いたメタボローム分析
    　4　親水性代謝物のターゲットメタボローム分析
    　5　13C標識トレーサー解析
    　6　脂質メディエーターのターゲット分析
    　7　ノンターゲット・ターゲットリピドーム分析
    II．発展的な機器分析の紹介
    　8　LC/MSを用いたワイドターゲットメタボロミクス
    　9　イオンクロマトグラフィー質量分析（IC/MS）を用いた陰イオン性代謝物の分析手法
    　10　生物の生成・放出する揮発性成分のメタボローム解析
    　11　NMR（核磁気共鳴）スペクトルによるメタボロミクス
    　12　振動分光法（赤外・ラマン・近赤外）を用いたメタボローム分析
    　13　MALDI-MSを用いたハイスループット代謝プロファイリング
    　14　質量分析イメージングによるメタボローム分析

    実践編(3)　データ解析
    　1　オーバービュー
    　　　～メタボロームデータを出す側/使う側としてのデータサイエンス・プロトコール
    　2　GC/MSメタボロミクスのデータ処理プロトコール
    　3　LC-MS/MSノンターゲットリピドミクスのデータ処理プロトコール
    　4　ターゲットメタボロミクスのデータ処理プロトコール
    　5　質量分析インフォマティクスによる未知化合物の構造推定
    　6　多変量解析，エンリッチメント解析，代謝マップ描画
    　7　複数のオミクス階層にまたがる大規模パスウェイの2.5次元可視化
    　8　GARUDAを用いた簡便なデータ解析
    　9　論文化するにあたり要求されるメタボロームデータ出力形式
    　10　メタボロームデータの公共レポジトリへの登録

    応用・展望編
    I．応用研究
    　1　褐色脂肪組織におけるアミノ酸代謝と糖尿病
    　2　生命の脂質多様性から解き明かす病態・バイオロジー研究
    　3　メタボロミクスによる食道がん治療効果予測代謝物マーカーの探索
    　4　メタボリックフィンガープリンティングの食品機能解析への応用
    　5　食品分野におけるメタボロミクスの応用
    　6　安定同位体標識を用いた植物メタボロミクス
    　7　メタボロミクスを用いた植物特化代謝の機能ゲノミクスと代謝分子育種への応用
    　8　代謝工学分野へのメタボロミクスの応用
    　9　大規模コホート研究におけるメタボローム解析の意義
    　10　腸内細菌分野へのメタボロミクスの応用
    II．今後の取り組み
    　11 ［座談会］エキスパート直伝！メタボロミクス研究の歩き方
    　12　研究室間連携によるメタボロミクスFuture planの模索

    おわりに

    メタボロミクス受託機関例

この書籍の参考文献

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導入編

P.16 掲載の参考文献
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3) Ramautar R, et al:Electrophoresis, 38:190-202, 2017
 
4) Dempo Y, et al:Metabolites, 4:499-516, 2014
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4) Ramautar R, et al:Electrophoresis, 40:165-179, 2019
 
5) Zhang W:Electrophoresis, 0:1-20, 2020
 
5) Chen D, et al:Anal Chem, 89:9424-9431, 2017
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6) Yuan BF, et al:Anal Chem, 90:3512-3520, 2018
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6) Zhang T, et al:Anal Chem, 84:1994-2001, 2012
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7) Tang DQ, et al:Mass Spectrom Rev, 35:574-600, 2016
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8) Luo B, et al:J Chromatogr A, 1147:153-164, 2007
 
9) Yoshida H, et al:J Agric Food Chem, 55:551-560, 2007
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10) Bamba T, et al:J Chromatogr A, 1250:212-219, 2012
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11) Taguchi K, et al:J Chromatogr A, 1362:270-277, 2014
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12) Gordillo R:J Sep Sci, 44:448-463, 2021
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13) van de Velde B:J Cromatogra B, 1161:122444, 2020
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14) Emwas AH, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9070123, 2019
 
15) msconvert. http://proteowizard.sourceforge.net/download.html
 
16) XCMS. https://xcmsonline.scripps.edu/landing_page.php?pgcontent=mainPage
 
17) CompMS. http://prime.psc.riken.jp/compms/index.html
 
18) 「化学者のための多変量解析 ケモメトリックス入門」(尾崎幸洋, 他/著), 講談社サイエンティフィク, 2002
 
19) 「スペクトル定量分析」(長谷川健/著), 講談社サイエンティフィク, 2005
 
20) Tsugawa H, et al:Nat Methods, 12:523-526, 2015
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21) METLIN. https://metlin.scripps.edu/landing_page.php?pgcontent=mainPage
 
22) mzCloud. https://www.mzcloud.org/
 
P.22 掲載の参考文献
1) Hirayama A, et al:Electrophoresis, 36:2148-2155, 2015
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7) Wu Y & Li L:J Chromatogr A, 1430:80-95, 2016
 

実践編 ( 1 ) 試料収集, サンプリング

P.32 掲載の参考文献
1) Hernandes VV, et al:Electrophoresis, 38:2232-2241, 2017
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2) Khadka M, et al:Biomolecules, 9:doi:10.3390/biom9050200, 2019
 
3) Gonzalez-Covarrubias V, et al:Metabolomics, 9:337-348:doi:10.1007/s11306-012-0450-4, 2013
 
4) Hirayama A, et al:Electrophoresis, 36:2148-2155, 2015
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P.35 掲載の参考文献
1) Zamora-Ros R, et al:Anal Chim Acta, 704:110-115, 2011
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3) Chen Y, et al:Anal Chem, 85:7659-7665, 2013
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4) Gagnebin Y, et al:Anal Chim Acta, 955:27-35, 2017
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4) Murata T, et al:Breast Cancer Res Treat, 177:591-601, 2019
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5) Sugimoto M, et al:Metabolomics, 9:454-463, 2013
 
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8) Ishikawa S, et al:Amino Acids, 49:761-770, 2017
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9) Tomita A, et al:Sci Rep, 8:12075, 2018
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10) Sugimoto M, et al:Bio-protocol:10.21769/BioProtoc.3797, 2020
 
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4) Xu J, et al:TrAC Trends in Analytical Chemistry, 112:161-174, 2019
 
5) Ishii C, et al:Keio SFC journal, 15:414-430, 2015
 
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6) Bessho M, et al:Anal Biochem, 182:304-308, 1989
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7) Sugiura Y, et al:Proteomics, 14:829-838, 2014
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4) Izumi Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9110257, 2019
 
P.74 掲載の参考文献
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実践編 ( 2 ) 機器分析

P.86 掲載の参考文献
1) Izumi Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9110257, 2019
 
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8) 櫻井望:食品成分のメタボローム解析と未知成分同定のための"食品メタボロームレポジトリ"の提案. オレオサイエンス, 19:59-65, 2019
 
9) 平山明由, 他:メタボロミクスにおける親水性代謝物解析. Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 65:195-198, 2017
 
10) Bligh ED & Dyer WJ:Can J Biochem Physiol, 37:911-917, 1959
 
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