実験医学別冊　超生物学―次のX

出版社： 羊土社
発行日： 2021-11-01
分野： 医学一般  >  雑誌
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： 超生物学―次のX
電子書籍版： 2021-11-01 （第1刷）
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目次

  • 特集　超生物学―次のX
    　　　私たちがいま手にしている細胞工学

    第1章　ゲノム編集—バイオテクノロジーの新たな主人公
    第2章　細胞レベルで個体発生を追跡する
    第3章　シングルセル解析にみるDNA バーコードの威力
    第4章　DNA バーコードによるテクノロジーの連結
    第5章　DNA シークエンシングで細胞内分子ネットワークや空間情報を取得する
    第6章　DNA に人工情報を記録する
    第7章　メモリードライブのようにふるまう細胞の開発
    第8章　細胞の中に論理回路を作る
    第9章　RNA を用いた分子センサープログラミング
    第10章　遺伝子回路による生体モニタリングデバイスと次世代がん免疫治療法
    第11章　進化生物学と発生生物学
    第12章　進化生物学が触発したバイオテクノロジー
    第13章　生命ネットワーク情報を利用した知識の統合
    第14章　生体空間を捉えるイメージング技術
    第15章　細胞レベルに情報を粗視化して空間を捉える
    第16章　生物に情報記録マシンを仕込む—私たちの次のX
    付録１　本書に登場する研究グループ
    付録２　本書に登場する研究グループ（主宰者）相関図

    参考文献
    おわりに

    発行に寄せて
    　生物学を超えるとは
    　チーム谷内江，会心の「超生物学─次のX」

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

第1章 ゲノム編集 - バイオテクノロジーの新たな主人公

P.10 掲載の参考文献
1) Hsu PD, et al : Cell, 157 : 1262-1278, 2014
PubMed
2) Mali P, et al : Nat Methods, 10 : 957-963, 2013
PubMed
3) Nishida K, et al : Science, 353 : 10.1126/science.aaf8729, 2016
 
4) Gaudelli NM, et al : Nature, 551 : 464-471, 2017
PubMed
5) Akbari OS, et al : Science, 349 : 927-929, 2015
PubMed
6) DiCarlo JE, et al : Nat Biotechnol, 33 : 1250-1255, 2015
PubMed
7) Weinberg BH, et al : Nat Biotechnol, 35 : 453-462, 2017
PubMed
8) Friedland AE, et al : Science, 324 : 1199-1202, 2009
PubMed

第2章 細胞レベルで個体発生を追跡する

P.16 掲載の参考文献
1) Evrony GD, et al : Neuron, 85 : 49-59, 2015
PubMed
2) Behjati S, et al : Nature, 513 : 422-425, 2014
PubMed
3) McKenna A, et al : Science, 353 : aaf7907, 2016
PubMed
4) Perli SD, et al : Science, 353 : aag0511, 2016
PubMed
5) Kalhor R, et al : Nat Methods, 14 : 195-200, 2017
PubMed
6) Kalhor R, et al : Science, 361 : aat9804, 2018
PubMed
7) Lu R, et al : Nat Biotechnol, 29 : 928-934, 2011
PubMed
8) Livet J, et al : Nature, 450 : 56-62, 2007
PubMed
9) Pei W, et al : Nature, 548 : 456-460, 2017
PubMed
10) Frieda KL, et al : Nature, 541 : 107-111, 2017
PubMed
11) Raj B, et al : Nat, Biotechnol, 36 : 442-450, 2018
PubMed
12) Wang X, et al : Science, 361 : aat5691, 2018
 

第3章 シングルセル解析にみる DNA バーコードの威力

P.26 掲載の参考文献
1) 「The Human Cell Atlas White Paper」https://www.humancellatlas.org/wp-content/uploads/2019/11/HCA_WhitePaper_18Oct2017-copyright.pdf
 
2) Hama H, et al : Nat Neurosci, 14 : 1481-1488, 2011
PubMed
3) Chung K, et al : Nature, 497 : 332-337, 2013
PubMed
4) Susaki EA, et al : Cell, 157 : 726-739, 2014
PubMed
5) Lee JH, et al : Science, 343 : 1360-1363, 2014
PubMed
6) Satija R, et al : Nat Biotechnol, 33 : 495-502, 2015
PubMed
7) Karaiskos N, et al : Science, 358 : 194-199, 2017
PubMed
8) Ramskold D, et al : Nat Biotechnol, 30 : 777-782, 2012
PubMed
9) Sasagawa Y, et al : Genome Biol, 14 : R31, 2013
PubMed
10) Sasagawa Y, et al : Genome Biol, 19 : 29, 2018
 
11) Hayashi T, et al : Nat Commun, 9 : 619, 2018
PubMed
12) Macosko EZ, et al : Cell, 161 : 1202-1214, 2015
PubMed
13) Klein AM, et al : Cell, 161 : 1187-1201, 2015
PubMed
14) Buenrostro JD, et al : Nat Methods, 10 : 1213-1218, 2013
PubMed
15) Cusanovich DA, et al : Science, 348 : 910-914, 2015
PubMed
16) Cao J, et al : Science, 357 : 661-667, 2017
PubMed
17) Rosenberg AB, et al : Science, 360 : 176-182, 2018
PubMed
18) Cao J, et al : Science, 361 : 1380-1385, 2018
PubMed
19) Cao J, et al : Nature,566 : 496-502, 2019
PubMed
20) Cao J, et al : Science, 370 : : doi : 10.1126/science.aba7721, 2020
 

第4章 DNA バーコードによるテクノロジーの連結

P.36 掲載の参考文献
1) Giaever G & Nislow C : Genetics, 197 : 451-465, 2014
PubMed
2) Berns K, et al : Nature, 428 : 431-437, 2004
PubMed
3) Shalem O, et al : Science, 343 : 84-87, 2014
PubMed
4) Wang T, et al : Science, 343 : 80-84, 2014
PubMed
5) Dixit A, et al : Cell, 167 : 1853-1866.e17, 2016
 
6) Adamson B, et al : Cell, 167 : 1867-1882.e21, 2016
 
7) Jaitin DA, et al : Cell, 167 : 1883-1896.e15, 2016
 
8) Datlinger P, et al : Nat Methods, 14 : 297-301, 2017
PubMed
9) Stoeckius M, et al : Nat Methods, 14 : 865-868, 2017
PubMed
10) Stoeckius M, et al : Genome Biol, 19 : 224, 2018
 
11) Raj B, et al : Nat Biotechnol, 36 : 442-450, 2018
PubMed
12) Alemany A, et al : Nature, 556 : 108-112, 2018
PubMed
13) Chan M, et al : Nature, 570 : 77-82, 2019
PubMed

第5章 DNA シークエンシングで細胞内分子ネットワークや空間情報を取得する

P.43 掲載の参考文献
1) Fields S & Song O : Nature, 340 : 245-246, 1989
PubMed
2) Yachie N, et al : Mol Syst Biol, 12 : 863, 2016
PubMed
3) Diaz-Mejia JJ, et al : Mol Syst Biol, 14 : e7985, 2018
PubMed
4) Trigg SA, et al : Nat Methods, 14 : 819-825, 2017
PubMed
5) Schlecht U, et al : Nat Commun, 8 : 15586, 2017
PubMed
6) Yang JS, et al : Nat Commun, 9 : 3747, 2018
PubMed
7) Lieberman-Aiden E, et al : Science, 326 : 289-293, 2009
PubMed
8) Duan Z, et al : Nature, 465 : 363-367, 2010
PubMed
9) Stevens TJ, et al : Nature, 544 : 59-64, 2017
PubMed
10) Nagano T, et al : Nature, 502 : 59-64, 2013
PubMed
11) Ohno M, et al : Cell, 176 : 520-534.e25, 2019
 
12) Weinstein JA, et al : Cell, 178 : 229-241.e16, 2019
 
13) Boulgakov AA, et al : Trends Biotechnol : doi : 10.1016/j.tibtech.2019.06.001, 2019
 
14) Hoffecker IT, et al : : Proc Natl Acad Sci USA, 116 : 19282-19287, 2019
PubMed
15) Boulgakov AA, et al : Trends Biotechnol : doi : 10.1016/j.tibtech.2019.06.001, 2019
 
16) Weinstein JA, et al : bioRxiv 471219v1, 2018
 
17) Rodriques SG, et al : Science, 363 : 1463-1467, 2019
PubMed
18) Nitzan M, et al : Nature, 576 : 132-137, 2019
PubMed

第6章 DNA に人工情報を記録する

P.52 掲載の参考文献
1) Sender R, et al : PLOS Biology, 14 : e1002533, 2016
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2) Clelland CT, et al : Nature, 399 : 533-534, 1999
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3) Arita M & Ohashi Y : Biotecnol Prog, 20 : 1605-1607, 2004
 
4) Yachie N, et al : Biotecnol Prog, 23 : 501-505, 2007
 
5) Gibson DG, et al : Science, 319 : 1215-1220, 2008
PubMed
6) Kosuri S & Church GM : Nat Methods, 11 : 499-507, 2014
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7) Church GM, et al : Science, 337 : 1628, 2012
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8) Goldman N, et al : Nature, 494 : 77-80, 2013
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9) Erlich Y & Zielinski D : Science, 355 : 950-954, 2017
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10) Organick L, et al : Nat Biotechnol, 36 : 242-248, 2018
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11) Bollum FJ : J Biol Chem, 237 : 1945-1949, 1962
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12) Lee HH, et al : Nat Commun, 10 : doi : 10.1038/s41467-019-10258-1, 2019
 
13) Palluk S, et al : Nat Biotechnol, 36 : 645-650, 2018
PubMed
14) Boeke JD, et al : Science, 353 : 126-127, 2016
PubMed
15) Loveless TB, et al : Nat Chem Biol, 17 : 739-747, 2021
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第7章 メモリードライブのようにふるまう細胞の開発

P.61 掲載の参考文献
1) Jackson SA, et al : Science, 356 : eaa15056, 2017
PubMed
2) Shipman SL, et al : Science, 353 : aaf1175, 2016
PubMed
3) Shipman SL, et al : Nature, 547 : 345-349, 2017
PubMed
4) Sheth RU, et al : Science, 358 : 1457-1461, 2017
PubMed
5) Tang W, Liu DR : Science, 360 : eaap8992, 2018
PubMed
6) Komer AC, et al : Nature, 533 : 420-424, 2016
 
7) Nishida K, et al : Science,353 : aaf8729, 2016
PubMed
8) Hsu PD, et al : Cell, 157 : 1262-1278, 2014
PubMed
9) Perli SD, et al : Science, 353 : aag0511, 2016
PubMed
10) Farzadfard F, et al : Mol Cell, 75 : doi : 10.1016/j.molcel.2019.07.011, 2019
 
11) Silas S, et al : Science, 351 : aad4234, 2016
PubMed
12) Schmidt F, et al : Nature, 562 : 380-385, 2018
PubMed

第8章 細胞の中に論理回路を作る

P.72 掲載の参考文献
1) Gardner TS, et al : Nature, 403 : 339-342, 2000
PubMed
2) Anderson JC, et al : Mol Syst Biol, 3 : 133, 2007
PubMed
3) Moon TS, et al : Nature, 491 : 249-253, 2012
PubMed
4) Siuti P, et al : Nat Biotechnol, 31 : 448-452, 2013
PubMed
5) Bonnet J, et al : Science, 340 : 599-603, 2013
PubMed
6) Weinberg BH, et al : Nat Biotechnol, 35 : 453-462, 2017
PubMed
7) Gao XJ, et al : Science, 361 : 1252-1258, 2018
PubMed

第9章 RNA を用いた分子センサープログラミング

P.84 掲載の参考文献
1) Isaacs FJ, et al : Nat Biotechnol, 22 : 841-847, 2004
PubMed
2) Green AA, et al : Cell, 159 : 925-939, 2014
PubMed
3) Green AA, et al : Nature, 548 : 117-121, 2017
PubMed
4) Kim J, et al : Nat Chem Biol,15 : 1173-1182, 2019
PubMed
5) Pardee K, et al : Cell, 165 : 1255-1266, 2016
PubMed
6) Ma D, et al : Synth Biol (Oxf), 3 : ysy018, 2018
PubMed
7) Xie Z, et al : Science, 333 : 1307-1311, 2011
PubMed
8) Miki K, et al : Cell Stem Cell, 16 : 699-711, 2015
PubMed
9) Wroblewska L, et al : Nat Biotechnol, 33 : 839-841, 2015
PubMed
10) Weinberg BH, et al : Nat Biotechnol, 35 : 453-462, 2017
PubMed
11) Siu KH & Chen W : Nat Chem Biol, 15 : 217-220, 2019
PubMed
12) Hanewich MH, et al : ACS Cent Sci, 5 : 1241-1249, 2019
 
13) Wang XW, et al : Nat Cell Biol, 21 : 522-530, 2019
PubMed

第10章 遺伝子回路による生体モニタリングデバイスと次世代がん免疫治療法

P.95 掲載の参考文献
1) Courbet A, et al : Sci Transl Med, 7 : 289ra83, 2015
PubMed
2) Mimee M, et al : Science, 360 : 915-918, 2018
PubMed
3) Wu MR, et al : Nat Rev Cancer, 19 : 187-195, 2019
 
4) Roybal KT, et al : Cell, 164 : 770-779, 2016
PubMed
5) Cho JH, et al : Cell, 173 : 1426-1438.e11, 2018
 
6) Nielsen AA, et al : Science, 352 : aac7341, 2016
PubMed

第11章 進化生物学と発生生物学

P.102 掲載の参考文献
1) McKenna A, et al : Science, 353 : aaf7907, 2016
PubMed
2) Salvador-Martinez I, et al : Elife, 8 : doi : 10.7554/eLife.40292, 2019
 
3) Masuyama N, et al : Curr Opin Chem Biol, 52 : 63-71, 2019
PubMed
4) Kalhor R, et al : Science, 361 : doi : 10.1126/science.aat9804, 2018
 
5) Sugino K, et al : BioRxiv, 538488, 2019
 
6) Garcia-Marques, et al : Nat Neurosci, 23 : 1618-1628, 2020
PubMed
7) Mora C, et al : PLoS Biol, 9 : e1001127, 2011
PubMed
8) Sender R, et al : PLoS Biol, 14 : e1002533, 2016
PubMed

第12章 進化生物学が触発したバイオテクノロジー

P.110 掲載の参考文献
1) Packer MS & Liu DR : Nat Rev Genet, 16 : 379-394, 2015
PubMed
2) Zhang Y, et al : Sci Adv, 5 : eaav8185, 2019
PubMed
3) Wang HH, et al : Nature, 460 : 894-898, 2009
PubMed
4) Nishida K, et al : Science, 353 : doi : 10.1126/science.aaf8729, 2016
 
5) Ma Y, et al : Nat Methods, 13 : 1029-1035, 2016
PubMed
6) Hess GT, et al : Nat Methods, 13 : 1036-1042, 2016
PubMed
7) Halperin SO, et al : Nature, 560 : 248-252, 2018
PubMed
8) Gaudelli NM, et al : Nature, 551 : 464-471, 2017
PubMed
9) Yamagishi Y, et al : Chem Biol, 18 : 1562-1570, 2011
PubMed
10) Passioura T & Suga H : Chem Commun (Camb), 53 : 1931-1940, 2017
PubMed
11) Hayashi Y, et al : ACS Chem Biol, 7 : 607-613, 2012
PubMed
12) Pellegrini M, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 96 : 4285-4288, 1999
PubMed
13) Date SV & Marcotte EM : Nat Biotechnol, 21 : 1055-1062, 2003
PubMed
14) Havugimana PC, et al : Cell, 150 : 1068-1081, 2012
PubMed
15) Yachie N, et al : Mol Syst Biol, 12 : 863, 2016
PubMed
16) Wan C, et al : Nature, 525 : 339-344, 2015
PubMed

第13章 生命ネットワーク情報を利用した知識の統合

P.121 掲載の参考文献
1) Rolland T, et al : Cell, 159 : 1212-1226, 2014
PubMed
2) Huttlin EL, et al : Cell, 184 : 3022-3040, 2021
PubMed
3) Rual JF, et al : Nature, 437 : 1173-1178, 2005
PubMed
4) Luck K, et al : Nature 580 : 402-408, 2020
PubMed
5) Costanzo M, et al : Cell, 177 : 85-100, 2019
PubMed
6) Tong AH, et al : Science, 294 : 2364-2368, 2001
PubMed
7) Tong AH, et al : Science, 303 : 808-813, 2004
PubMed
8) Costanzo M, et al : Science, 327 : 425-431, 2010
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9) Costanzo M, et al : Science, 353 : doi : 10.1126/science.aaf1420, 2016
 
10) Sahni N, et al : Cell, 161 : 647-660, 2015
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11) Hofree M, et al : Nat Methods, 10 : 1108-1115, 2013
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12) Shannon P, et al : Genome Res, 13 : 2498-2504, 2003
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13) Ashburner M, et al : Nat Genet, 25 : 25-29, 2000
PubMed
14) Dutkowski J, et al : Nat Biotechnol, 31 : 38-45, 2013
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15) Kramer M, et al : Bioinformatics, 30 : i34-i42, 2014
PubMed
16) Yu MK, et al : Cell Syst, 2 : 77-88, 2016
PubMed
17) Ma J, et al : Nat Methods, 15 : 290-298, 2018
PubMed

第14章 生体空間を捉えるイメージング技術

P.134 掲載の参考文献
1) Lee JH, et al : Science, 343 : 1360-1363, 2014
PubMed
2) Lee JH, et al : Nat Protoc, 10 : 442-458, 2015
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3) Mitra RD, et al : Anal Biochem, 320 : 55-65, 2003
PubMed
4) Shendure J, et al : Science, 309 : 1728-1732, 2005
PubMed
5) Lubeck E, et al : Nat Methods, 11 : 360-361, 2014
PubMed
6) Shah S, et al : Cell, 174 : 363-376.e16, 2018
 
7) Chen KH, et al : Science, 348 : aaa6090, 2015
PubMed
8) Wang X, et al : Science, 361 : doi : 10.1126/science.aat5691, 2018
 
9) Chen F, et al : Science, 347 : 543-548, 2015
PubMed
10) Alon S, et al : Science, 371 : doi : 10.1126/science.aax2656, 2021
 
11) Frieda KL, et al : Nature, 541 : 107-111, 2017
PubMed
12) Chow K-K, et al : Science, 372 : doi : 10.1126/science.abb3099, 2021
 
13) Komor AC, et al : Nature, 533 : 420-424, 2016
PubMed
14) Nishida K, et al : Science, 353 : doi : 10.1126/science.aaf8729, 2016
 
15) Gaudelli NM, et al : Nature, 551 : 464-471, 2017
PubMed
16) Hwang B, et al : Nat Commun, 10 : 1234, 2019
PubMed
17) Askary A, et al : Nat Biotechnol, 38 : 66-75, 2020
PubMed

第15章 細胞レベルに情報を粗視化して空間を捉える

P.148 掲載の参考文献
1) Stahl PL, et al : Science, 353 : 78-82, 2016
PubMed
2) Macosko EZ, et al : Cell, 161 : 1202-1214, 2015
PubMed
3) Klein AM, et al : Cell, 161 : 1187-1201, 2015
PubMed
4) Rodriques SG, et al : Science, 363 : 1463-1467, 2019
PubMed
5) Lee JH, et al : Science, 343 : 1360-1363, 2014
PubMed
6) Stickels R, et al : Nat biotechnol, 39 : 313-319, 2021
PubMed
7) Lieberman-Aiden E, et al : Science, 326 : 289-293, 2009
PubMed
8) Weinstein JA, et al : Cell, 178 : 229-241.e16, 2019
 
9) Young G & Householder AS : Psychometrika, 3 : 19-22, 1938
 
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第16章 生物に情報記録マシンを仕込む - 私たちの次の X

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