がんゲノムデータ解析
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目次
- 第1章 がんのゲノム・オミックス解析を視野に入れた検体保存方法
COLUMN 1 がんゲノム研究と倫理的・法的・社会的課題
第2章 がんのターゲットリシークエンス
―がんパネルシークエンスによる乳がん変異検出
再現・検証 とある検査技師のブラックボックスへの挑戦録
再現・検証 DRY解析初心者遺伝カウンセラーの挑戦
特別寄稿 遺伝カウンセラーが「がん患者」になるとき
COLUMN 2 がんゲノムプロファイリング検査におけるエキスパートパネルの概要と課題
COLUMN 3 がん遺伝子パネル検査の課題 (1)医師の立場として
COLUMN 4 がん遺伝子パネル検査の課題 (2)臨床検査会社として
第3章 がんの融合遺伝子検出
―RNAシークエンスによるがん融合遺伝子検出
再現・検証 Macか,Windowsか,それが問題だ
第4章 がんのCNV検出
―SNPアレイによる転移性肝がん,およびメラノーマのコピー数変異検出
再現・検証 中年も,大志を抱け―Linuxを扱うべきか扱わないべきかそれが問題だ
第5章 がんのゲノム解析
―ロングリードシークエンサーによる肺がんゲノム構造変異検出
再現・検証 遺伝子解析? それ美味しいの? 完全門外漢によるはじめての遺伝子解析
COLUMN 5 完全ヒトゲノム配列ががんゲノム解析にもたらす恩恵
第6章 がんのGWAS
―GWASによる乳がん感受性多型の検出
再現・検証 世界で一番スマートなGWAS体験をあなたへ
第7章 がんのポリジェニックリスクスコア
―ゲノムデータから乳がんリスクスコアを計算
再現・検証 Mac初心者にもできる!できると楽しい!PRSの再現・検証
COLUMN 6 がん環境要因の疫学研究と分子疫学
第8章 がんのエピゲノム解析
―マイクロアレイによる腎がんエピゲノム変異検出
再現・検証 R(ほぼ)初心者,EWASに挑戦
―驚愕!?メチル化データによる性別推定の有用性と謎
第9章 がんのcfDNA解析
―リキッドバイオプシーによる大腸がん変異検出
再現・検証 「血の一滴」はどれだけ「重い」―cfDNAで読みとく運命の行方
COLUMN 7 がんワクチン臨床試験の統計学的課題