実験医学別冊 メタゲノムデータ解析
目次
- 特集 メタゲノムデータ解析
16Sも! ショットガンも! ロングリードも!
菌叢解析が得意になる凄技レシピ
Chapter1 メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー
（1）Anaconda仮想環境とDocker
（2）データ解析インフラ
Chapter2 細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析
（1）Short read
1) QIIME 2
2) VITCOMIC2，LEA
（2）Long read
1) GenomeSync + GSTK法
2) NanoGalaxy
［COLUMN］DIYメタゲノム解析
Chapter3 細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析
（1）メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn
（2）アノテーション DFAST
［COLUMN］マイクロバイオームヘルスケア，はじめないか
Chapter4 解析したデータを共有・利用する
（1）国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ，DRA，DDBJ
（2）figshare，生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有
（3）横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp
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