実験医学別冊 実験デザインからわかる シングルセル研究実践テキスト
目次
- 特集 実験デザインからわかる
シングルセル研究実践テキスト
シングルセルRNA-Seqの予備検討から解析のコツ、
結果の検証まで成功に近づく道をエキスパートが指南
第1章 シングルセル解析をはじめる前に考えること
第2章 シングルセル解析実施前の予備検討：バルクRNA-Seq
第3章 公共データベースを用いた検討
第4章 シングルセル実験デザイン
1．多種多様な細胞群を対象とした実験デザイン
2．シングルセル解析における実験デザイン
第5章 サンプル調製
1．サンプル調製で求められること
2．組織からのサンプル調製の実例
3．臨床検体からのscRNA-Seqサンプル調製の実例
第6章 実験の基本フロー
1．シングルセルプラットフォーム選択の指標
2．10x Chromiumによるシングルセル解析
3．nanowell方式のscRNA-Seq解析プラットフォーム
4．プレート型scRNA-Seqの特徴と実践
5．1細胞核内情報解析のコツsnRNA-SeqとsnATAC-Seq
第7章 データ解析の基本フロー
1．Seuratによるシングルセル解析
2．Scanpyを用いたシングルセル解析のはじめ方と実践
3．Cell Ranger解析ソフトウェア
4．SeqGeqを用いたシングルセルRNA-Seq解析
第8章 シングルセル転写開始点・エンハンサー解析
第9章 複数のシングルセルデータの統合
第10章 二次解析，グラフィカルな表現法，共有
1．RNA velocityによる遺伝子発現ダイナミクスの解析
2．自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析
3．シングルセルレパトア解析の現状
4．CellOracleによる細胞のゆらぎの表現
第11章 CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有
第12章 解析結果の検証，解釈
1．マルチオミクスを用いたヒト心臓の細胞微小環境の解析
2．三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価
3．公開データからの乳腺上皮細胞アトラス構築
4．循環器疾患におけるシングルセル解析研究の実際
第13章 受託解析を利用したシングルセル解析のすすめ
第14章 データ共有，代表的なポータルの紹介
座談会 エキスパートが語るシングルセル研究のリアル
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