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実験医学別冊　実験デザインからわかる　シングルセル研究実践テキスト

出版社： 羊土社
発行日： 2024-04-01
分野： 医学一般  >  雑誌
ISBN： 9784758122702
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： 実験デザインからわかる　シングルセル研究実践テキスト
電子書籍版： 2024-04-01 （第1刷）
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目次

  • 特集　実験デザインからわかる
    　　　シングルセル研究実践テキスト
    　　　シングルセルRNA-Seqの予備検討から解析のコツ、
    　　　結果の検証まで成功に近づく道をエキスパートが指南

    第1章　シングルセル解析をはじめる前に考えること

    第2章　シングルセル解析実施前の予備検討：バルクRNA-Seq

    第3章　公共データベースを用いた検討

    第4章　シングルセル実験デザイン
    　1．多種多様な細胞群を対象とした実験デザイン
    　2．シングルセル解析における実験デザイン

    第5章　サンプル調製
    　1．サンプル調製で求められること
    　2．組織からのサンプル調製の実例
    　3．臨床検体からのscRNA-Seqサンプル調製の実例

    第6章　実験の基本フロー
    　1．シングルセルプラットフォーム選択の指標
    　2．10x Chromiumによるシングルセル解析
    　3．nanowell方式のscRNA-Seq解析プラットフォーム
    　4．プレート型scRNA-Seqの特徴と実践
    　5．1細胞核内情報解析のコツsnRNA-SeqとsnATAC-Seq

    第7章　データ解析の基本フロー
    　1．Seuratによるシングルセル解析
    　2．Scanpyを用いたシングルセル解析のはじめ方と実践
    　3．Cell Ranger解析ソフトウェア
    　4．SeqGeqを用いたシングルセルRNA-Seq解析

    第8章　シングルセル転写開始点・エンハンサー解析

    第9章　複数のシングルセルデータの統合

    第10章　二次解析，グラフィカルな表現法，共有
    　1．RNA velocityによる遺伝子発現ダイナミクスの解析
    　2．自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析
    　3．シングルセルレパトア解析の現状
    　4．CellOracleによる細胞のゆらぎの表現

    第11章　CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有

    第12章　解析結果の検証，解釈
    　1．マルチオミクスを用いたヒト心臓の細胞微小環境の解析
    　2．三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価
    　3．公開データからの乳腺上皮細胞アトラス構築
    　4．循環器疾患におけるシングルセル解析研究の実際

    第13章　受託解析を利用したシングルセル解析のすすめ

    第14章　データ共有，代表的なポータルの紹介

    座談会　エキスパートが語るシングルセル研究のリアル

この書籍の参考文献

参考文献のリンクは、リンク先の都合等により正しく表示されない場合がありますので、あらかじめご了承下さい。

本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

第2章 シングルセル解析実施前の予備検討 : バルクRNA - Seq

P.26 掲載の参考文献
1) [TRIZOL(R) Reagent] https://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/trizol_J_12_Jun_2007_1.pdf(2023年10月12日閲覧)
 
2) [Illumina Stranded mRNA Prep Reference Guide] https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/illumina_prep/RNA/illumina-stranded-mrna-reference-guide-1000000124518-02.pdf(2023年10月12日閲覧)
 
3) Fan J, et al:Exp Mol Med, 52:1452-1465, doi:10.1038/s12276-020-0422-0(2020)
 
4) Newman AM, et al:Nat Biotechnol, 37:773-782, doi:10.1038/s41587-019-0114-2(2019)
 
5) Li B, et al:Genome Biol, 17:174, doi:10.1186/s13059-016-1028-7(2016)
 
6) Chu T, et al:Nat Cancer, 3:505-517, doi:10.1038/s43018-022-00356-3(2022)
 
7) Elosua-Bayes M, et al:Nucleic Acids Res, 49:e50, doi:10.1093/nar/gkab043(2021)
 
8) Cable DM, et al:Nat Biotechnol, 40:517-526, doi:10.1038/s41587-021-00830-w(2022)
 
9) Kleshchevnikov V, et al:Nat Biotechnol, 40:661-671, doi:10.1038/s41587-021-01139-4(2022)
 
10) Muto K, et al:Sci Rep, 12:15309, doi:10.1038/s41598-022-19391-2(2022)
 
11) Han X, et al:Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq. Cell, 172:1091-1107.e17(2018)
 
「実験医学別冊 NGSアプリケーションRNA-Seq実験ハンドブック」(鈴木 穣/編), 羊土社, 2016
 
「実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド」(鈴木 穣/編), 羊土社, 2022
 

第3章 公共データベースを用いた検討

P.36 掲載の参考文献
1) Dominguez Conde C, et al:Science, 376:eabl5197, doi:10.1126/science.abl5197(2022)
 
2) Hao Y, et al:Cell, 184:3573-3587. e29, doi:10.1016/j.cell.2021.04.048(2021)
 
3) Jones RC, et al:Science, 376:eabl4896, doi:10.1126/science.abl4896(2022)
 
4) Pelka K, et al:Cell, 184:4734-4752. e20, doi:10.1016/j.cell.2021.08.003(2021)
 
5) Ma S, et al:Nat Immunol, 24:255-266, doi:10.1038/s41590-022-01398-6(2023)
 

第4章 シングルセル実験デザイン

P.44 掲載の参考文献
1) Gilbert TW, et al:Biomaterials, 27:3675-3683, doi:10.1016/j.biomaterials.2006.02.014(2006)
 
2) Lafzi A, et al:Nat Protoc, 13:2742-2757, doi:10.1038/s41596-018-0073-y(2018)
 
3) McGinnis CS, et al:Cell Syst, 8:329-337. e4, doi:10.1016/j.cels.2019.03.003(2019)
 
4) Wolock SL, et al:Cell Syst, 8:281-291. e9, doi:10.1016/j.cels.2018.11.005(2019)
 
5) Xi NM & Li JJ:Cell Syst, 12:176-194. e6, doi:10.1016/j.cels.2020.11.008(2021)
 
P.49 掲載の参考文献
1) [How Many Cells | Satija Lab] https://satijalab.org/howmanycells/(2023年9月25閲覧)
 
2) [Single Cell Gene Expression Flex-10x Genomics] https://www.10xgenomics.com/products/single-cell-gene-expression-flex(2023年9月25閲覧)
 
3) Heumos L, et al:Nat Rev Genet, 24:550-572, doi:10.1038/s41576-023-00586-w(2023)
 
4) Yasumizu Y, et al:Bioinformatics, 37:1465-1467, doi:10.1093/bioinformatics/btaa859(2021)
 
5) Kang HM, et al:Nat Biotechnol, 36:89-94, doi:10.1038/nbt.4042(2018)
 
6) [Cost Per Cell | Satija Lab] https://satijalab.org/costpercell/(2023年9月25閲覧)
 
7) The Tabula Muris Consortium:Nature, 562:367-372, doi:10.1038/s41586-018-0590-4(2018)
 
8) The Tabula Sapiens Consortium:Science, 376:eabl4896, doi:10.1126/science.abl4896(2022)
 

第5章 サンプル調製

P.56 掲載の参考文献
1) Sanchez-Carbonell M, et al:Front Mol Neurosci, 16:1223798, doi:10.3389/fnmol.2023.1223798(2023)
 
2) [How do I dissociate my tissue of interest?-10X Genomics] https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/218169563-How-do-I-dissociate-my-tissue-of-interest-(2024年1月10日閲覧)
 
3) [OpenCV-Open Computer Vision Library] https://opencv.org(2024年1月10日閲覧)
 
4) Pachitariu M & Stringer C:Nat Methods, 19:1634-1641, doi:10.1038/s41592-022-01663-4(2022)
 
5) McGinnis CS, et al:Nat Methods, 16:619-626, doi:10.1038/s41592-019-0433-8(2019)
 
6) Sugimoto M, et al:DNA Res, 29:doi:10.1093/dnares/dsac017(2022)
 
P.64 掲載の参考文献
1) Iyer A, et al:Front Immunol, 13:815828, doi:10.3389/fimmu.2022.815828(2022)
 
2) Vandereyken K, et al:Nat Rev Genet, 24:494-515, doi:10.1038/s41576-023-00580-2(2023)
 
3) Kashima Y, et al:Sci Rep, 11:341, doi:10.1038/s41598-020-79385-w(2021)
 
4) [How do I dissociate my tissue of interest?] https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/218169563-How-do-Idissociate-my-tissue-of-interest-(2023年11月28日閲覧)
 
5) Alles J, et al:BMC Biol, 15:44, doi:10.1186/s12915-017-0383-5(2017)
 
6) Wang X, et al:BMC Genomics, 22:420, doi:10.1186/s12864-021-07744-6(2021)
 
7) 「シングルセル遺伝子発現Flex」https://www.10xgenomics.com/jp/products/single-cell-gene-expression-flex(2023年11月28日閲覧)
 
8) Tirosh I, et al:Science, 352:189-196, doi:10.1126/science.aad0501(2016)
 
P.73 掲載の参考文献
1) Rao DA, et al:bioRxiv, doi:10.1101/275859v1(2018)
 

第6章 実験の基本フロー

P.85 掲載の参考文献
1) Lee M, et al:Nat Commun, 11:4367, doi:10.1038/s41467-020-18155-8(2020)
 
2) Mimitou EP, et al:Nat Methods, 16:409-412, doi:10.1038/s41592-019-0392-0(2019)
 
3) Gherardin NA, et al:Cancer Immunol Res, 9:612-623, doi:10.1158/2326-6066.CIR-20-0817(2021)
 
4) [How Many Cells | Satija Lab] https://satijalab.org/howmanycells/(2023年9月25日閲覧)
 
5) [Sample Prep-Official 10x Genomics Support] https://www.10xgenomics.com/support/single-cell-gene-expression/documentation/steps/sample-prep(2023年9月25日閲覧)
 
6) [ngscore] https://www.ngs.gen-info.osaka-u.ac.jp/home(2023年9月25日閲覧)
 
P.93 掲載の参考文献
1) Miyake K, et al:Nat Commun, 14:2694, doi:10.1038/s41467-023-38356-1(2023)
 
2) Colino-Sanguino Y, et al:BioRxiv, 2023.04.04.535585v1(2023)
 
3) Qi J, et al:BioRxiv, 2021.06.12.448210v1(2021)
 
4) Shichino S, et al:Commun Biol, 5:602, doi:10.1038/s42003-022-03536-0(2022)
 
5) 「Flow-Countを用いた細胞絶対数の測定」https://www.beckman.jp/resources/techniques-and-methods/cytometrydotcom/application/appli5(2024年1月11日閲覧)
 
6) [Trucount Absolute Counting Tubes IVD] https://www.bdbiosciences.com/en-us/products/instruments/flow-cytometers/clinical-cell-analyzers/facscalibur/trucount-absolute-counting-tubes-ivd.340334(2024年1月11日閲覧)
 
BD Rhapsody:https://www.bdbiosciences.com/ja-jp/products/instruments/single-cell-multiomics-systems/rhapsody(2023年9月25日閲覧)
 
BD Rhapsody HT Xpress:https://www.bdbiosciences.com/ja-jp/products/instruments/single-cell-multiomics-systems/bd-rhapsody-ht-xpress(2023年9月25日閲覧)
 
HIVE system : https://www.perkinelmer.co.jp/Bioo/tabid/2199/Default.aspx(2023年9月25日閲覧)
 
Honeycomb Biotechnologies : https://honeycomb.bio/(2023年9月25日閲覧)
 
P.110 掲載の参考文献
1) 「新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる!」(中内啓光/監, 清田 純/編), pp267-283, 羊土社(2016)
 
2) Picelli S, et al:Nat Methods, 10:1096-1098, doi:10.1038/nmeth.2639(2013)
 
3) Hayashi T, et al:Nat Commun, 9:619, doi:10.1038/s41467-018-02866-0(2018)
 
4) Armour CD, et al:Nat Methods, 6:647-649, doi:10.1038/nmeth.1360(2009)
 
5) Ozsolak F, et al:Genome Res, 20:519-525, doi:10.1101/gr.102129.109(2010)
 
P.120 掲載の参考文献
1) Slyper M, et al:Nat Med, 26:792-802, doi:10.1038/s41591-020-0844-1(2020)
 
2) Wu H, et al:J Am Soc Nephrol, 30:23-32, doi:10.1681/ASN.2018090912(2019)
 
3) Oh JM, et al:Exp Mol Med, 54:2128-2134, doi:10.1038/s12276-022-00892-z(2022)
 
4) Tran MN, et al:Neuron, 109:3088-3103. e5, doi:10.1016/j.neuron.2021.09.001(2021)
 
5) Lacar B, et al:Nat Commun, 7:11022, doi:10.1038/ncomms11022(2016)
 
6) Bakken TE, et al:PLoS One, 13:e0209648, doi:10.1371/journal.pone.0209648(2018)
 
7) Santos R, et al:STAR Protoc, 3:101261, doi:10.1016/j.xpro.2022.101261(2022)
 
8) [Why do I see an increased High Molecular Weight peak at 2000bp in the Multiome ATAC library trace?] https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360055086011(2024年2月閲覧)
 

第7章 データ解析の基本フロー

P.136 掲載の参考文献
1) [Datasets-10x Genomics] https://www.10xgenomics.com/resources/datasets(2023年10月16日閲覧)
 
2) Ilicic T, et al:Genome Biol, 17:29, doi:10.1186/s13059-016-0888-1(2016)
 
3) Hafemeister C & Satija R:Genome Biol, 20:296, doi:10.1186/s13059-019-1874-1(2019)
 
4) [Gene expression markers of identity classes] https://satijalab.org/seurat/reference/findmarkers(2023年10月16日閲覧)
 
5) [Parallelization in Seurat with future] https://satijalab.org/seurat/articles/future_vignette(2023年10月16日閲覧)
 
「東大式 生命データサイエンス即戦力講座」(DSTEP教材作成委員会/編), 羊土社, 2021
 
P.150 掲載の参考文献
1) Wolf FA, et al:Genome Biol, 19:15, doi:10.1186/s13059-017-1382-0(2018)
 
2) Virshup I, et al:bioRxiv, doi:10.1101/2021.12.16.473007(2021)
 
3) [Scanpy tutorials Preprocessing and clustering 3k PBMCs] https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html(2023年9月25日閲覧)
 
4) [Single-cell best practices] https://www.sc-best-practices.org/preamble.html(2023年9月25日閲覧)
 
5) Xu C, et al:bioRxiv, doi:10.1101/2023.05.01.538994(2023)
 
6) La Manno G, et al:Nature, 560:494-498, doi:10.1038/s41586-018-0414-6(2018)
 
7) Palla G, et al:Nat Methods, 19:171-178, doi:10.1038/s41592-021-01358-2(2022)
 
8) Bredikhin D, et al:Genome Biol, 23:42, doi:10.1186/s13059-021-02577-8(2022)
 
9) [CZ CELLxGENE Discover Datasets] https://cellxgene.cziscience.com/datasets(2023年9月25日閲覧)
 
P.160 掲載の参考文献
1) Stoeckius M, et al:Genome Biol, 19:224, doi:10.1186/s13059-018-1603-1(2018)
 
2) Garber M, et al:Nat Methods, 8:469-477, doi:10.1038/nmeth.1613(2011)
 
3) Marioni JC, et al:Genome Res, 18:1509-1517, doi:10.1101/gr.079558.108(2008)
 
4) Bakken TE, et al:PLoS One, 13:e0209648, doi:10.1371/journal.pone.0209648(2018)
 
5) [10x Genomics Support] https://support.10xgenomics.com/docs/intron-mode-rec(2023年9月25日閲覧)
 
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1) Ma L, et al:Cancer Cell, 36:418-430. e6, doi:10.1016/j.ccell.2019.08.007(2019)
 
2) Hwang B, et al:Exp Mol Med, 50:1-14, doi:10.1038/s12276-018-0071-8(2018)
 
3) Puram SV, et al:Cell, 171:1611-1624. e24, doi:10.1016/j.cell.2017.10.044(2017)
 
4) Zhou B & Jin W:Methods Mol Biol, 2117:159-167, doi:10.1007/978-1-0716-0301-7_8(2020)
 
5) Becht E, et al:Nat Biotechnol:37, 38-44, doi:10.1038/nbt.4314(2018)
 
6) Shiode Y, et al:Hepatology, 77:395-410, doi:10.1002/hep.32317(2023)
 
7) Xiong X, et al:Mol Cell, 75:644-660. e5, doi:10.1016/j.molcel.2019.07.028(2019)
 
8) [Basic Tutorial-FlowJo Documentation] https://docs.flowjo.com/seqgeq/basic-tutorial/(2023年9月25日閲覧)
 
9) Heumos L, et al:Nat Rev Genet, 24:550-572, doi:10.1038/s41576-023-00586-w(2023)
 

第8章 シングルセル転写開始点・エンハンサー解析

P.181 掲載の参考文献
1) Tang DT, et al:Nucleic Acids Res, 41:e44, doi:10.1093/nar/gks1128(2013)
 
2) Adiconis X, et al:Nat Methods, 15:505-511, doi:10.1038/s41592-018-0014-2(2018)
 
3) Forrest AR, et al:Nature, 507:462-470, doi:10.1038/nature13182(2014)
 
4) Andersson R, et al:Nature, 507:455-461, doi:10.1038/nature12787(2014)
 
5) Kim TK, et al:Nature, 465:182-187, doi:10.1038/nature09033(2010)
 
6) Murakawa Y, et al:Trends Genet, 32:76-88, doi:10.1016/j.tig.2015.11.004(2016)
 
7) La Manno G, et al:Nature, 560:494-498, doi:10.1038/s41586-018-0414-6(2018)
 
8) Hirabayashi S, et al:Nat Genet, 51:1369-1379, doi:10.1038/s41588-019-0485-9(2019)
 
[Getting Started with Seurat] https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html(2023年9月25日閲覧)
 

第9章 複数のシングルセルデータの統合

P.191 掲載の参考文献
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3) Stuart T, et al:Cell, 177:1888-1902. e21, doi:10.1016/j.cell.2019.05.031(2019)
 
4) https://satijalab.org/seurat/articles/integration_rpca.html(2023年12月12日閲覧)
 
5) Kang HM, et al:Nat Biotechnol, 36:89-94, doi:10.1038/nbt.4042(2018)
 
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18) Cheng J, et al:Science, 381:eadg7492, doi:10.1126/science.adg7492(2023)
 

第14章 データ共有, 代表的なポータルの紹介

P.307 掲載の参考文献
1) [Data availability statements and data citations policy: guidance for authors] https://www.nature.com/documents/nr-data-availability-statements-data-citations.pdf(2023年10月11日閲覧)
 
2) [Recommended Repositories] https://journals.plos.org/plosone/s/recommended-repositories(2023年10月11日閲覧)
 
3) Tarhan L, et al:bioRxiv:doi:10.1101/2023.07.13.548886(2023)
 
4) [cellxgene web site] https://cellxgene.cziscience.com/(2023年10月11日閲覧)
 
5) [anndata-Annotated data] https://anndata.readthedocs.io/en/latest/(2023年10月11日閲覧)
 
6) Abugessaisa I, et al:Nucleic Acids Res, 46:D781-D787, doi:10.1093/nar/gkx949(2018)
 
7) [DBKERO Single Cell] https://kero.hgc.jp/longread_viewer/single_cell/open/index.html(2023年10月11日閲覧)
 
8) Rood JE, et al:Nat Med, 28:2486-2496, doi:10.1038/s41591-022-02104-7(2022)
 

座談会 エキスパートが語るシングルセル研究のリアル

P.315 掲載の参考文献
1) Biddy BA, et al:Nature, 564:219-224, doi:10.1038/s41586-018-0744-4(2018)
 
2) Jindal K, et al:Nat Biotechnol:doi:10.1038/s41587-023-01931-4(2023)
 
3) Kanemaru K, et al:Sci Immunol, 4, doi:10.1126/sciimmunol.aax6908(2019)
 
4) Nakahashi-Oda C, et al:Sci Immunol, 6:eabe7915, doi:10.1126/sciimmunol.abe7915(2021)
 
5) Kanemaru K, et al:Nature, 619:801-810, doi:10.1038/s41586-023-06311-1(2023)
 
6) Sun Y, et al:JCI Insight, 8, doi:10.1172/jci.insight.168793(2023)
 
7) Kobayashi-Kirschvink KJ, et al:Nat Biotechnol, doi:10.1038/s41587-023-02082-2(2024)
 

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